Фамилия Набоко почти наверняка происходит от прозвища, которое давали человеку с заметной особенностью осанки или походки. В основе лежит диалектное слово «набокий» — то есть немного наклонённый в сторону, кривобокий. Вряд ли такое прозвище было обидным: в крестьянской среде внешние приметы, особенно бросающиеся в глаза, часто становились основой для уличного имени, которое затем закреплялось за потомками.

Интересно, что в старых документах встречаются носители именно этой фамилии, причём люди самого разного положения. Из письменных источников известен тобольский стрелец Васка Набоков (1662 год). Стрельцы в то время были служилыми людьми «по прибору», то есть набирались не из дворян, а из посадских и черносошных крестьян. А в 1680 году упоминается коломенский таможенный голова Стурка Набоков — должность выборная, доверенная, что говорит о том, что её обладатель пользовался уважением в своей общине. Разброс между простым стрельцом в Сибири и таможенным головой в Подмосковье показывает: фамилия бытовала широко, в разных слоях и регионах.

Сама форма Набоко — это, скорее всего, не застывшее окончание, а усечённый вариант от Набоков. Такое явление типично для украинской и белорусской традиции, где фамилии на -о часто образовывались от полных русских форм. Поэтому можно предположить, что предки носителей фамилии Набоко могли прийти в великорусские земли с запада или жить на пограничье, где такие сокращения были обычны. Впрочем, в самом русском языке слово «набоко» как наречие тоже существовало, так что не исключено, что прозвище закрепилось и в этой форме.

Однокоренную фамилию носит писатель Владимир Дмитриевич Набоков, автор «Машеньки», «Лолиты», «Дара» и «Приглашения на казнь». Его отец происходил из старинного дворянского рода, и это лишний раз напоминает: прозвище, лёгшее в основу фамилии, не было признаком низкого происхождения. Оно лишь фиксировало то, что видели окружающие, — а уж кто носил это имя, стрелец или дворянин, зависело от времени и места.