Фамилия Набокин происходит от прозвища Набока, а оно, в свою очередь, восходит к диалектному прилагательному «набокий». Смысл прозвища прост и ясен: так в старину называли человека, который держится или ходит немного набок, кривобокого или того, кто имел привычку кособочиться. Вряд ли за этим стояла какая-то тайная символика — скорее, меткая бытовая наблюдательность, свойственная прозвищам.

Письменные источники сохранили нам реальных носителей этого прозвища. Известен тобольский стрелец Васька Набоков, упомянутый в документах 1662 года, и коломенский таможенный голова Стурка Набоков, зафиксированный в 1680 году. Эти записи важны: они показывают, что прозвище бытовало в разных слоях общества — от служилых людей до выборных должностных лиц — и было распространено географически широко, от Сибири до подмосковной Коломны.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий. От прозвища Набока образовали отчество с помощью суффикса -ин, который присоединялся к основам на -а/-я. Поэтому Набокин буквально означает «сын Набоки». Интересно, что рядом существует и параллельная форма Набоков, образованная по другой модели, с суффиксом -ов. Обе фамилии — родные сёстры, но Набокин закрепилась именно за потомками тех, кого звали Набока.

Стоит различать Набокина и знаменитую фамилию Набоков. Писатель Владимир Набоков принадлежал к старинному дворянскому роду, чья фамилия, по одной из версий, имеет тюркские корни. Набокины же — фамилия более простая по происхождению, исконно русская, вышедшая из народной среды. Это не делает её менее интересной: она напрямую связывает современного носителя с конкретным человеком, жившим триста с лишним лет назад, и с тем, как его видели и называли соседи.