Фамилия Набойкин происходит от прозвища Набойка. В основе лежит слово «набойка» — так в старину называли деревянный или железный наконечник на конце чего-либо, например, набойку на сапоге, каблук, а также молоток сапожника. Чаще всего прозвище Набойка давали сапожнику или башмачнику — мастеру, который «набивал» подмётки и каблуки. В некоторых говорах «набойкой» называли и набойную ткань с набивным узором, но для фамилии эта версия менее вероятна: ремесленная основа встречается в русских фамилиях гораздо чаще, чем прозвища по одежде.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Набойкин — «сын Набойки» или «человек из семьи Набойки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Другие варианты словообразования, например, Набойков (с суффиксом -ов), встречаются реже, но тоже возможны — они могли закрепиться в разных регионах независимо друг от друга.

Географически фамилия Набойкин не привязана к одной местности, но чаще встречается в центральных и южных областях России, в частности в Воронежской, Тамбовской, Рязанской губерниях. Это объясняется традиционным сапожным промыслом, который был широко распространён в этих краях. В некоторых случаях фамилия могла возникнуть и от топонима — села или деревни с названием Набойка, но такие населённые пункты немногочисленны и, скорее всего, сами получили имя от того же ремесленного корня.

Интересная деталь: в некоторых говорах «набойкой» называли не только сапожный инструмент, но и деревянную колотушку для выколачивания белья на реке. Если прозвище закрепилось за прачкой или работником, занимавшимся стиркой, это альтернативная, хотя и менее распространённая версия. Но в любом случае Набойкин — фамилия, прямо указывающая на занятие предка: он либо шил обувь, либо работал с набойным инструментом.