Фамилия Набокин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Прозвище Набока восходит к диалектному слову «набокий». Так, из письменных источников известны тобольский стрелец Васька Набоков (1662 г.) и коломенский таможенный голова Стурка Набоков (1680 г.). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Набока, со временем получил фамилию Набокин. О точном месте и времени возникновения фамилии Набокин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Набокин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.