Фамилия Набок чаще всего происходит от прозвища, данного человеку с несимметричной фигурой или походкой. В русских говорах существовало слово «набокий» — тот, кто ходит набок, перекошенный, кривобокий. Это прозвище закреплялось за человеком и переходило к детям уже как фамильное имя. Хотя звучит просто, за таким прозвищем мог стоять и реальный физический недостаток, и просто привычка держаться с некоторой небрежностью, склонять голову к плечу.

Письменные источники фиксируют это прозвище довольно рано. Известны тобольский стрелец Васка Набоков (1662 год) и коломенский таможенный голова Стурка Набоков (1680 год). Оба — служилые люди, что говорит о распространённости прозвища в разных слоях населения, от рядовых стрельцов до выборных должностей. Форма «Набоков» здесь — притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?», то есть сын Набока.

Сама фамилия Набок без суффикса — более редкий вариант. Она образовалась напрямую от прозвища, без добавления -ов или -ин, что типично для украинской и белорусской традиции, хотя встречается и в русских говорах. Такая бессуффиксная форма могла закрепиться за человеком, который сам носил прозвище, а не за его потомками.

Однокоренную фамилию Набоков носит писатель Владимир Дмитриевич Набоков, автор «Лолиты», «Дара», «Машеньки», «Приглашения на казнь». Его предки, по-видимому, происходили из тех самых служилых людей, чьи имена встречаются в документах XVII века. Дворянский род Набоковых возводил себя к татарскому мурзе, но ономасты считают эту версию поздней легендой: гораздо правдоподобнее исконно русское происхождение от прозвища «набокий».

Есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых говорах «набоком» называли откос, склон, боковую поверхность чего-либо. Тогда прозвище могло получить человек, живший на склоне холма или у края оврага. Но эта гипотеза слабее: прозвища по внешности в русской антропонимии встречаются чаще, чем топографические, поэтому версия с «набоким» остаётся основной.