Фамилия Начинюхин — редкая, и её разговорный, почти «кухонный» корень сразу выдаёт прозвище, а не церковное имя. В основе лежит слово «начинка» или глагол «начинять». Чтобы понять, как это стало фамилией, смотрим на суффикс. Модель Начинюхин — от прозвища Начинюха: суффикс -юх- (-ух-) в русских фамилиях типичен для прозвищ, образованных от действия или свойства человека (ср. Грязнухин, Крикухин, Толстухин). Затем добавился притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Начинюхин, то есть сын или потомок Начинюхи.

Само прозвище Начинюха могло закрепиться за человеком по двум причинам. Первая, самая прямая: так могли прозвать того, кто готовил начинку — повара, пекаря, пирожника, мастера по колбасам. Вторая версия, бытовая и насмешливая: «начинкой» в переносном смысле называли содержимое, внутренности, и прозвище могло относиться к человеку полному, пухлому, с большим животом («начинённому»). В русских говорах «начинить» значило также «наполнить, набить», что закрепляет этот образ.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где суффикс -юх- более активен. Встречается она редко, поэтому не стоит искать у неё дворянских корней или записи в древних боярских книгах. Это типичная поздняя фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская, которая оформилась в XVIII–XIX веках, когда прозвища давали по ремеслу или внешности. Ударение, судя по произношению, падает на второй слог: Начиню́хин.

Интересная деталь: фамилия обошлась без типичного суффикса -ов-, что указывает на её неофициальное, «уличное» происхождение. В документах того же времени человека с таким прозвищем могли записать и как Начинюхов, но вариант на -ин закрепился, подчинившись модели «сын Начинюхи». Таким образом, предок носителя фамилии — либо умелый кулинар, либо просто человек, которого в деревне называли «начинюхой» за плотную комплекцию.