Фамилия Начинюхина — женская форма мужской фамилии Начинюхин, и её происхождение связано с прозвищем, которое получил человек по занятию или по характерному действию. Основа здесь — глагол «начинять» в старом значении «начинять, наполнять, вкладывать внутрь». В русских говорах «начинюха» могли назвать того, кто занимался начинкой — например, колбасника, пирожника, мастера, который делал набивку для чучел или подушек. Но есть и другая версия: в диалектах «начинять» означало также «начинать, затевать», и прозвище Начинюха мог получить зачинщик, инициатор, человек, который первым брался за дело.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Начинюхин — сын или потомок Начинюхи. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или личных имён, оканчивающихся на -а, -я. Обратите внимание на редкий элемент -юх- в основе: это нестандартный суффикс, который встречается в прозвищах с оттенком фамильярности или уменьшительности (сравните: Ванюха, Петюха). То есть прозвище Начинюха звучало скорее как бытовое, деревенское, неофициальное.

Фамилия Начинюхин — довольно редкая. Географически она тяготеет к центральным и южным регионам России, особенно к бывшим территориям Курской и Воронежской губерний, где фиксируются её ранние носители в метрических книгах XIX века. Встречаются варианты написания с одной «н» (Начинюхин) и с двойной (Начиннюхин), но основной вариант закрепился с одной буквой.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Начинкин, Начинов, Начиняев, — то Начинюхин выделяется именно суффиксом, который выдает прозвищное, а не «именное» происхождение. В отличие от Начинова (от отчества по имени Начин), Начинюхин прямо указывает на конкретного человека с ярким прозвищем. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или мещанская: в дворянских родословных книгах она не встречается.