Фамилия Надинкова — женская форма фамилии Надинков, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. Сама фамилия Надинков образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Надинков, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Надинок. Ключевой элемент здесь — основа «Надин-», а суффикс -ок в её составе — уменьшительный, характерный для прозвищ и неофициальных имён в северных и центральных говорах России. В отличие от фамилий с суффиксом -ин (типа Надин), модель на -ов встречается реже, что уже делает фамилию Надинков не самой типичной.

Самая вероятная версия — фамилия восходит к прозвищу Надинок, которое, в свою очередь, произошло от слова «надь» или «нада» — в старых новгородских и псковских говорах так называли ненасытного, жадного или навязчивого человека. Сравните с диалектным глаголом «надить» — «докучать, надоедать». Таким образом, Надинок мог означать «назойливый, приставучий». Менее вероятна, но возможна связь с именем Надежда в народной форме Надя: тогда Надинок — это уменьшительное от Надя, а Надинков — «потомок Надинка». Однако имя Надежда вошло в обиход в России довольно поздно (в XVIII веке), а фамилии с такой основой обычно старше, поэтому прозвищная версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия Надинков (и её женская форма) встречается в основном в северо-западных регионах России — в Архангельской, Вологодской областях, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает диалектную природу корня: именно в этих краях слово «надь» было в ходу. В центральных и южных областях фамилия редка.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Надинковы, скорее всего, происходили из крестьян или посадских людей — прозвища такого типа давали в быту, а не при официальном оформлении фамилии. Суффикс -ок в основе указывает на то, что прозвище было не оскорбительным, а скорее бытовым, даже ласкательным — так могли назвать ребёнка или взрослого за особенность характера.

У фамилии есть редкий вариант написания через «а» — Наденков, но он менее устойчив и встречается в единичных записях метрических книг XIX века. В современном написании Надинкова — это форма, которая закрепилась в паспортных данных. Отдельных известных носителей фамилии, вошедших в энциклопедии или справочники, нет — фамилия остаётся в кругу рядовых русских фамилий, что не делает её менее интересной для изучения корней.