Фамилия Наджибаев — яркий пример того, как арабское по происхождению имя прижилось в тюркской среде и затем получило русское фамильное оформление. В основе лежит мужское личное имя Наджиб (араб. نجيب — «благородный», «знатный», «одарённый», «умный»). В исламской традиции это одно из эпитетов пророка Мухаммеда, поэтому имя распространено у многих народов, исповедующих ислам: татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии.

Фамилия образована по стандартной для восточных фамилий модели: к основе Наджиб прибавили тюркский патронимический формант -ай (уменьшительно-ласкательный или указывающий на принадлежность), а затем — русский суффикс -ев, который закрепился у многих нерусских фамилий в Российской империи в XIX–XX веках. Буквально Наджибаев — «сын Наджиба» или «потомок Наджиба». Встречаются и параллельные формы: Наджибов (с прямым русским суффиксом -ов), Наджибаев — более архаичный вариант, сохранивший тюркский элемент.

Географически фамилия тяготеет к регионам с татарским и башкирским населением, а также к Дагестану и Азербайджану, где имя Наджиб также популярно. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия почти не встречается — она, скорее всего, оформилась уже в советское время, когда паспортизация унифицировала написание. Предки носителя фамилии вряд ли принадлежали к дворянству или духовенству: это были крестьяне, ремесленники или торговцы, получившие фамилию по имени отца.

Стоит отметить, что в арабском оригинале имя пишется с буквой «дж» (ج), которая в русской передаче может давать варианты «джи» или «ги». Поэтому фамилия Наджибаев — одна из нескольких форм; её «конкуренты» — Нагибаев (с утратой аффрикаты) или Наджибов. Поскольку имя Наджиб нередко давали в честь предка, фамилия может указывать на то, что родоначальник обладал заметными качествами или пользовался уважением — так имя-характеристика перешло в родовое прозвание.