Фамилия Наебка стоит в ряду фамилий, которые на первый взгляд кажутся простыми, но при ближайшем рассмотрении ставят перед исследователем несколько загадок. Её структура прозрачна: корень «наеб-» и суффикс «-к-», типичный для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, указывающий на происхождение от прозвища. Суффикс «-к-» в данном случае — уменьшительно-уничижительный или просто словообразовательный, превращающий глагольную или именную основу в прозвище. То есть носитель фамилии — потомок человека, которого в округе называли Наебка.

Главная трудность — семантика корня. В современном русском языке глагол «наебать» имеет грубое, обсценное значение «обмануть, провести». Однако фамилии с подобной основой (Наёбкин, Наёбов) встречаются в документах XVII–XVIII веков, когда это слово ещё не приобрело столь резкой экспрессивной окраски. В древнерусском языке «наебати» могло означать «наскочить, налететь, ударить» или, в переносном смысле, «навязаться, пристать». Таким образом, прозвище Наебка мог получить человек назойливый, навязчивый или, напротив, резкий, склонный к внезапным поступкам.

Версия о связи с диалектным словом кажется менее вероятной. В некоторых говорах «наебка» фиксировалась как название мотылька или бабочки, но эта лексема узкорегиональна и не даёт убедительной мотивации для прозвища. Скорее всего, основа — глагольная, а фамилия образована по продуктивной модели «отглагольное прозвище + суффикс принадлежности» (ср. фамилии Злобка, Кривка, Хватка). В таком случае Наебка — это человек, которого характеризовали действием: «тот, кто наебывает» (в старом значении).

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям, где суффикс «-к-» в фамилиях особенно распространён. Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — возможно, от прозвища одного человека, закрепившегося за его потомками в конкретной волости или селе. Сословный состав носителей, скорее всего, крестьянский или казацкий: фамилии на «-ка» редко встречаются у дворянства.

Однокоренные фамилии — Наёбкин, Наёбов, Наебищев — помогают понять, что перед нами не единичный случай, а целое гнездо, образованное от одной основы. Сравнение с ними показывает, что в основе лежит именно прозвище, а не имя или профессия.