Фамилия Наебенка звучит необычно для русского уха, и это не случайно. Скорее всего, перед нами не исконно русская фамилия, а украинская или белорусская. Её форма — с окончанием -енко — это характерный суффикс, который в восточнославянских языках (прежде всего в украинском) образует фамилии со значением «сын» или «потомок». То есть Наебенка дословно означает «сын Наеба» или «маленький Наеб». Здесь суффикс -енко — главный маркер, указывающий на южное или западнорусское происхождение рода.

Основа фамилии — «Наеб» — вызывает вопросы. В русском языке нет слова с таким корнем, которое давало бы прямое и приличное толкование. Однако в ономастике есть принцип: не стоит сразу искать неприличные смыслы, если слово может быть искажённым на письме или иметь другую природу. Вероятнее всего, в основе лежит личное имя или прозвище. Например, это могло быть производное от крестильного имени Ананий (в просторечии Ананя, Нанай) или от канонического Иона (через форму Ионай → Най → Наеб). В таком случае «Наеб» — это усечённая и переоформленная форма имени, а фамилия Наебенка — «сын того, кого звали Наебом».

Другая, менее вероятная версия — связь с диалектным словом. В некоторых говорах «наеб» могло означать что-то вроде «верхний» или «находящийся на возвышенности» (от «еб» — архаичное обозначение холма или бугра, встречающееся в топонимике). Но эта гипотеза слабая, так как слово практически не фиксируется в источниках. Третья версия — фамилия могла возникнуть как результат описки или переосмысления более распространённой фамилии, например, Науменко (от имени Наум), где буква «у» со временем превратилась в «е» из-за особенностей произношения или почерка.

Географически фамилия Наебенка, скорее всего, привязана к Украине или Беларуси. В России она почти не встречается, что подтверждает её нерусское происхождение. Сословная принадлежность предков — скорее всего, крестьяне или казаки: в этих средах фамилии на -енко были особенно распространены. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано. Написание фамилии с «е» в корне (Наебенка, а не Найбенка) тоже говорит в пользу украинского влияния, где «е» после гласного может читаться как «йе».