Фамилия Наеботин — одна из тех, что при поверхностном взгляде кажется понятной, но при детальном разборе ставит перед исследователем непростой выбор. Её основа, «наеб-«, в современном русском языке однозначно ассоциируется с обсценной лексикой, означающей обман. Однако фамилии с подобными корнями в русской ономастике крайне редки и почти всегда имеют иное, более древнее и нейтральное происхождение, скрытое за омонимией.

Правдоподобнее всего версия, что в основе фамилии лежит не матерное слово, а диалектный глагол или существительное. В северных и сибирских говорах, а также в некоторых областях Поволжья, слово «наёба» или «наёбка» могло означать нечто, связанное с наклоном, изгибом, навесом или нахлобучкой — например, вид шапки, накидки или кривое дерево. В таком случае прозвище Наебота давали человеку с характерной походкой (вразвалку), носящему необычный головной убор, либо же кривому, сутулому. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Наеботы».

Менее вероятна, но не исключена связь с личным именем или прозвищем, образованным от слова «ебота» — так в некоторых говорах называли заботу, хлопоты, суету. «Наебота» мог означать «докучающий», «надоедливый» человек. Однако эта версия слабее, так как приставка «на-» в таком значении встречается реже.

В любом случае, фамилия Наеботин — не результат грубой шутки или самоназвания, а, скорее всего, трансформировавшееся со временем диалектное прозвище. Её носители, вероятно, происходят из крестьянской среды северных или уральских губерний, где и бытовало исходное слово. Со временем его первоначальный смысл стерся, а в современном языке возникло неудобное созвучие, которое, однако, не имеет отношения к значению фамилии.