Фамилия Нафанец относится к распространенному типу украинских фамилий и образована от крестильного имени Нафанаил. Имя Нафаня – производная форма крестильного имени Нафанаил, которое в переводе с древнегреческого означает «новоявленный». В православном именнике это имя появилось в честь святого Нафанаила (в миру Варфоломея), происходившего из Каны Галилейской. По сошествии Святаго Духа в день Пятидесятницы апостолу Варфоломею вместе с апостолом Филиппом выпал жребий проповедовать Евангелие в Сирии и Малой Азии. По преданию, в одном из городов они встретились с апостолом Иоанном Богословом и вместе отправились во Фригию. В городе Иераполе святые своей молитвой умертвили громадную ехидну, которой язычники поклонялись как божеству, после чего святые были схвачены и после долгих мучений осуждены на распятие. Поэтому Нафанец буквально понималось как «сын Нафани».