Фамилия Нафанова — относительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить типичное окончание -ов, которое в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?»). Основа здесь — Нафан.

Самая вероятная версия: основа восходит к библейскому имени Нафан (или Натан). В Ветхом Завете Нафан — пророк при царе Давиде. В русской бытовой традиции это имя могло сократиться до Нафан (как Иван — в Ваня, а Натан — в Натаня, Нафаня). Тогда фамилия Нафанов/Нафанова — это «сын Нафана» или «принадлежащий Нафану». Модель образования типична для крестьянской и мещанской среды: от уменьшительной или обиходной формы крестильного имени.

Менее вероятная, но возможная версия — от нецерковного прозвища Нафаня. В некоторых говорах «нафанить» означало «надувать, обманывать», хотя это слово редкое и локальное. Прозвище могло закрепиться за хитрым или изворотливым человеком. Однако связь с библейским именем выглядит убедительнее — такие имена в основе фамилий встречаются гораздо чаще, чем забытые диалектные глаголы.

Носительницы фамилии Нафанова — потомки человека, которого в быту звали Нафаном. Географически фамилия встречается нечасто, преимущественно в центральных регионах России и Поволжье, что косвенно подтверждает её позднее закрепление в крестьянской среде после отмены крепостного права. В дворянских родословных книгах эта фамилия не отмечена.