Фамилия Нафонова — женская форма фамилии Нафонов. В основе её лежит редкое каноническое имя Агафон, которое в просторечии и диалектах нередко сокращали до Нафон. Такой процесс — усечение первого слога (аканье, при котором безударное «а» редуцировалось и отпадало) — типичен для русской народной ономастики: из Агафон получали Гапон, Афоня, Нафон. Имя Агафон (от греческого «агатос» — добрый, хороший) было распространено в крестьянской среде, особенно в центральных и северных губерниях.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования фамилии от имени или прозвища отца. То есть Нафонов — буквально «сын Нафона». Интересно, что в некоторых говорах имя Агафон звучало как Огафон, и фамилия могла писаться через «о» — Огафонов, но форма с начальным «На-» закрепилась именно как просторечный вариант, который со временем стал самостоятельной фамилией.

Есть и вторая, менее вероятная версия: связь с греческим именем Нафанаил (Бог дал), которое в быту сокращали до Нафон. Но она спорна, потому что имя Нафанаил в русской традиции давало формы Нафанаилов, Натанов, а не Нафонов. Правдоподобнее всё же считать исходным Агафона — имя было частотным, а его народные переделки дали целый куст фамилий: Гафонов, Агафонов, Афонькин, Нафонов.

Географически фамилия Нафонов (и Нафонова) встречается нечасто, преимущественно в Вологодской, Архангельской и Костромской областях — регионах, где акающие говоры и усечение имён были нормой. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с таким именованием, но массового распространения фамилия не получила. Её носители — потомки тех, кого в семье звали просто Нафон, без лишних церемоний.