Фамилия Нагонова — женская форма, а её мужской вариант Нагонов — довольно редкая русская фамилия, которая почти не встречается за пределами Центральной России и Поволжья. Её происхождение напрямую связано с прозвищем или мирским именем Нагон, которое, в свою очередь, образовано от глагола «нагонять».

Здесь возможны два основных толкования. Первое — бытовое: Нагоном могли прозвать человека, который постоянно догонял, нагонял кого-то в работе или в пути, то есть был расторопным и неутомимым. Второе — более специфическое, связанное с ремеслом или крестьянским бытом. В русских говорах «нагонять» означало не только догонять, но и нагонять смолу, дёготь или скипидар — то есть выкуривать их из древесины. В этом случае предок носителя фамилии мог быть смолокуром или дегтярём — человеком, который занимался перегонкой смолистых веществ. Это редкое, но вполне правдоподобное объяснение, которое выводит фамилию из числа чисто «скоростных» прозвищ в разряд профессиональных.

Суффикс -ов (-ова) указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — Нагонов, то есть сын или потомок Нагона. Фамилия не имеет дворянского или книжного происхождения — она типично крестьянская, возникшая в среде, где прозвища давались по заметной черте характера или занятию. В документах XVII–XVIII веков фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её позднее оформление — скорее всего, она окончательно закрепилась в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по прозвищам.

Интересно, что фамилия Нагонов (Нагонова) не имеет ничего общего с украинскими или польскими фамилиями на -ого (вроде Нагонного) — это чисто русская форма, и её не стоит путать с похожими по звучанию, но иными по корню фамилиями, например, Наганов (от татарского «наган» — пистолет). В случае с Нагоновой корень остаётся славянским, глагольным.