Фамилия Нагонюк — яркий пример украинской модели фамилии, образованной с помощью суффикса -юк. В украинской ономастике этот суффикс указывает на «малого» или «потомка»: Нагонюк — это буквально «сын Нагона» или «маленький Нагон». Основа здесь — прозвище Нагон. Что оно могло значить?

Самый прямой и правдоподобный вариант — прозвище по действию. Нагоном на юге России и в Украине называли человека, который нагоняет, догоняет: либо буквально — быстрого ходока или гонца, либо в переносном смысле — того, кто нагоняет страх, нагоняй, то есть человека крутого нрава, начальника или просто сварливого. В говорах «нагон» также могло означать «прибыль», «прибавка», «нагон скота на пастбище» — отсюда прозвище мог получить пастух или удачливый хозяин.

Вторая версия, менее очевидная, но возможная — отчество от крестильного имени. В некоторых диалектах «Нагон» могло быть сокращением от Агафон (греч. «добрый, благой»). Сравните: Агафон → Гапон → Нагон. Если это так, то Нагонюк — потомок человека по имени Агафон, а прозвищное значение ушло на второй план.

Географически фамилия Нагонюк тяготеет к западным и центральным областям Украины — Волыни, Хмельниччине, Житомирщине. Суффикс -юк особенно характерен для Подолья и Полесья. Встречаются и варианты написания — Нагонюк, реже Наганюк (с «а» в корне, что может указывать на акающий говор или просто описку).

Сословно фамилия недворянская: в реестрах казаков и мещан XVIII–XIX веков такие фамилии встречаются у крестьян и казачьей старшины. Дворянских родов Нагонюков в Российской империи не зафиксировано — это фамилия простого люда, где прозвище закрепилось за родом накрепко.