Фамилия Нагонов — одна из тех, где значение почти полностью скрыто за кажущейся простотой. На первый взгляд в ней слышится что-то «нагонное», но корень здесь не в глаголе «нагонять», а в прозвище или мирском имени.

Словообразовательная модель типична для русского крестьянского Севера и центральных областей: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Нагона). Основа «Нагон» — это либо прозвище, либо некалендарное имя. В древнерусском языке «нагон» означало «погоня», «нагоняй», но в качестве прозвища могло закрепиться за человеком быстрым, настойчивым или, наоборот, тем, кого постоянно «нагоняли» — торопили, понукали. Однако есть и другая версия: Нагон — это вариант имени Агафон (от греческого «агатос» — добрый, хороший). В просторечии имя Агафон нередко сокращали до Гон, а с приставкой На- (как в фамилиях Назаров, Наумов от На-зар, На-ум) могло получиться Нагон. Такое переосмысление — частая история в народной этимологии.

Географически фамилия редкая, но встречается в северных областях — Архангельской, Вологодской, а также в Поволжье. Это указывает на её исконно русское происхождение, без иноязычных корней.

Самый правдоподобный путь: предок носителя фамилии получил прозвище Нагон за то, что был скор на расправу или, напротив, постоянно опаздывал и его приходилось «нагонять». В быту прозвища такого типа не несли оскорбления — они работали как меткая характеристика, которая потом закрепилась за потомками.

Сословный состав носителей фамилии — в основном крестьяне и посадские люди. Дворянских родов с фамилией Нагонов в гербовниках не зафиксировано. Это «народная» фамилия, возникшая в среде, где фамилии давали по уличному прозвищу, а не по родословной.