Фамилия Негонов образована от прозвища или нецерковного имени Негон. В русских говорах слово «нега» означало не только «нежность, заботу», но и «довольство, спокойствие, приволье». Негоном могли назвать изнеженного, избалованного ребенка или, напротив, человека, который жил в достатке и холе. Вторая версия отсылает к глаголу «неговать» — баловать, лелеять. Тогда прозвище могло закрепиться за тем, кто сам любил нежиться, или за родителем, который чрезмерно опекал детей.

Модель образования проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?»). Негонов — буквально «сын Негона» или «человек из семьи Негона». Фамилия относится к числу древнейших русских патронимических фамилий, возникших еще в XV–XVI веках. Интересно, что корень «нег-» встречается и в других русских фамилиях — Неганов, Негин, Неготин, — но Негонов выделяется редким для этой основы суффиксом -он, который в прозвищах часто имел уменьшительно-ласкательный оттенок.

В документах фамилия фиксируется с XVII века. Например, в переписных книгах Казанского уезда 1646 года упоминается крестьянин Ивашко Негонов. Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России: Вологодской, Костромской, Ярославской. Там слово «нега» в значении «покой и достаток» бытовало особенно широко. Встречается фамилия и у старообрядцев — в среде, где ономастика часто сохраняла архаичные прозвищные формы.

Среди однокоренных фамилий Негонов стоит особняком: если Негановы и Негины могли происходить от более поздних прозвищ, то Негонов с суффиксом -он указывает на более архаичную, допетровскую традицию имянаречения. Сегодня фамилия редкая, в основном встречается в Поволжье и на Урале, куда предки переселялись в ходе колонизации земель.