Фамилия Негонова — женская форма от Негонов, и её разумнее начинать с мужского варианта. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Негон. Слово «негон» в русских говорах не зафиксировано как нарицательное, но прозрачно по составу: отрицательная частица «не» и корень «гон» от глагола «гнать». Такие сложения с «не» в древнерусских именах и прозвищах не редкость: Некрас (некрасивый), Нелюб, Немир. Негон, вероятно, означало «того, кого не гонят» — либо медлительного, неповоротливого человека, которого трудно заставить торопиться, либо, наоборот, того, кто сам никого не гонит, не притесняет. Второй вариант — прозвище беглеца или человека, которого «не гнали», то есть не преследовали, не изгоняли, но это менее вероятно.

Суффикс -ов указывает на притяжательную модель: Негонов — «сын Негона». Такие фамилии в XVI–XVII веках массово закреплялись за крестьянами и посадскими людьми в центральных и северных областях России. Географически фамилия Негоновы встречается в документах по Вологодской и Костромской губерниям, что типично для прозвищных фамилий на -ов. В переписях XVIII–XIX веков носители Негоновых числились среди государственных крестьян — то есть лично свободных, но плативших оброк. Дворянской ветви у этой фамилии не было.

Редкость фамилии объясняется тем, что прозвище Негон не стало популярным: оно не льстило, не описывало яркую внешнюю черту, а скорее фиксировало поведение или социальное положение. В отличие от фамилий вроде Негодяев (от «негодяй» в старом значении «негодный к службе»), Негонов звучит нейтральнее — без резкой негативной окраски.

Однокоренные фамилии — Неганов (от «нега» — нежность, покой), но это другая основа. Путать их не стоит: Неганов — от существительного, Негонов — от глагольного корня. Встречается также вариант Негоненков («маленький Негон»), но он ещё реже.

Если вы носите фамилию Негонова, ваши предки — скорее всего, крестьяне из-под Вологды или Костромы, получившие фамилию по прозвищу родоначальника, которое не прижилось в языке и осталось только в архивах.