Фамилия Нагона — редкая и неочевидная по происхождению. Она не вписывается в привычную модель русских фамилий на -ов/-ев или -ин, а значит, её стоит искать не в крестьянской среде XIX века, а среди более поздних переселенцев или в неславянских языках.

С точки зрения словообразования, фамилия Нагона может быть связана с диалектным глаголом «нагонять» или существительным «нагон» (нагоняй, выговор, а также нагон воды, ветра). В таком случае прозвище Нагона могли дать человеку резкому, торопливому или тому, кто постоянно «нагонял» на других — то есть наказывал, бранил. Однако финаль на -а при мужской фамилии (Нагона, а не Нагонин) скорее указывает на украинское или белорусское происхождение. В этих языках фамилии на -а нередко сохраняют форму прозвища без суффикса: Нагона — тот, кто нагоняет, или же от названия профессии, связанной с нагоном (например, погонщик скота).

Есть и другая, географическая, версия. Фамилия может быть топонимической: от названия населённого пункта Нагон (или Нагоны). Такие названия встречаются в западных областях России и в Беларуси. Тогда носитель фамилии — выходец из этих мест. Вариант с польским или балтийским корнем тоже возможен: в литовском языке «nagoti» означает «нагонять», а «naga» — «нога». Но для русскоязычного носителя это уже третьестепенная гипотеза.

Социальный контекст фамилии Нагона невысок: она не встречается в дворянских родословных книгах и не фиксируется в ранних переписях как распространённая. Скорее всего, фамилия оформилась поздно, уже в XIX веке, когда прозвища стали закрепляться как наследственные. В современной России она остаётся единичной, что делает её особенно интересной для тех, кто носит её сегодня.