Фамилия Нагогина — женская форма фамилии Нагогин, и её происхождение стоит искать в прозвище или мирском имени Нагога. В русском языке слово «нагой» означает «голый», «обнажённый», «бедный», «не имеющий покрова». Суффикс -ога в подобных прозвищах — довольно редкая, но выразительная модель, характерная для древнерусской антропонимии. Она встречается в фамилиях вроде Босого, Косого, Лысого, но с суффиксом -ога образует более архаичные формы: Нагога — буквально «голый человек», «бедняк», «оборванец».

Вероятнее всего, прозвище Нагога давали человеку не столько за отсутствие одежды, сколько за бедность или простоту. В крестьянской среде такое прозвище могло закрепиться за тем, кто ходил в обносках или владел скудным хозяйством. Однако есть и другая версия: в некоторых говорах «нагога» могло означать не только внешнюю наготу, но и «неприкрытость» характера — откровенного, прямого человека, который говорит правду в глаза, «без обиняков». Эта трактовка делает прозвище более социально-психологическим, чем бытовым.

Фамилия образована по стандартной модели: основа Нагог- + суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Нагоги). Окончание -а в женской форме — грамматический признак рода. Фамилия Нагогина распространена преимущественно в центральных и южных регионах России, встречается в документах XVII–XVIII веков, хотя и не относится к массовым. Встречаются варианты написания через «а» (Нагагин), но они редки и, скорее всего, являются диалектными искажениями.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к церковным именам или прозвищам, связанным с животными или растениями, — её корень чисто описательный, бытовой. В русских фамилиях на -ин часто закреплялись прозвища, данные по внешнему виду или характеру, и Нагогина — один из таких случаев, когда за фамилией стоит не ремесло или место жительства, а яркая, запоминающаяся черта человека.