Фамилия Нагоев ведет начало от прозвища Нагой, которое связывают с названием одного из адыгских племен — нагойцев. Основатель рода, таким образом, либо сам принадлежал к этому племени, либо, что менее вероятно, имел с ним устойчивые контакты. Вокруг происхождения самого этнонима «нагойцы» спорят до сих пор, и единой версии нет.

Одна гипотеза возводит название племени к имени Ногая, золотоордынского военачальника и правителя, чье влияние в XIII веке распространялось на огромные территории Причерноморья и Северного Кавказа. Сторонники этой версии видят в нагойцах потомков или союзников воинов Ногая, осевших в предгорьях Кавказа. Другая версия звучит неожиданно: мифическим предком племени будто бы считалась собака, и исследователи находят явное созвучие названия с монгольским словом, означающим «собака». Эта гипотеза опирается на древние тотемические представления, но выглядит менее убедительной, чем связь с историческим Ногаем.

Сама фамилия образована по стандартной для русской ономастики модели: к основе Нагой добавили суффикс -ев, который указывает на принадлежность роду. То есть Нагоев — это «сын Нагого», «потомок человека по прозвищу Нагой». Форма с суффиксом -ев, а не -ов, типична для фамилий, возникших на южнорусских и кавказских территориях, где смягчение конечного согласного основы было обычным явлением.

В России известен и дворянский род князей Нагоевых-Оболенских, но его происхождение иное — он восходит к старинному московскому боярству и не связан с адыгским племенем. Это лишь совпадение форм, которое, впрочем, показывает, насколько разными путями люди приходили к одной и той же фамилии.

Фамилия Нагоев — живой памятник сложной этнической истории Кавказа, где переплелись следы кочевых империй, древних племен и русской фамильной традиции.