Фамилия Нагоева обычно отсылает к прозвищу Нагой, но корень здесь не в одежде, а в этнониме. Так могли назвать человека, принадлежавшего к нагойцам — одному из адыгских (черкесских) племен, или того, кто долго с ними общался. Происхождение самого названия племени спорно. Наиболее распространенная версия связывает его с именем золотоордынского темника Ногая, могущественного военачальника XIII века. Есть и более экзотическое объяснение — от монгольского слова «собака»: будто бы у этого племени мифическим предком считался пес. Последняя гипотеза строится на созвучии, но выглядит скорее курьезом, чем научным фактом.

Фамилия оформлена по стандартной русской модели: прозвище Нагой + патронимический суффикс -ев, дающий ответ на вопрос «чей ты будешь?» — сын, потомок Нагого. В этом смысле она ничем не отличается от тысяч других фамилий, образованных от личных прозвищ. Однако история рода не ограничивается адыгскими корнями. В России известен и княжеский род Нагоевых-Оболенских, правда, это другая ветвь: там прозвище Нагой носил один из князей Оболенских, и его потомки закрепили это имя как фамилию. Совпадение форм не говорит об общем происхождении, но показывает, насколько разными путями люди приходили к одинаковым фамилиям.

Когда именно предки современных Нагоевых получили свою фамилию, сказать сложно. Процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных имен шел веками, и у разных сословий он завершился в разное время. Без серьезных генеалогических изысканий, обращения к архивным документам и родословным росписям определить точное место и время возникновения конкретной линии Нагоевых невозможно. Сама фамилия, впрочем, сохранила память о том, что ее основатель имел отношение к одному из народов Северного Кавказа либо к человеку, который носил это прозвище.