Фамилия Нифонова происходит от канонического мужского имени Нифонт, которое восходит к греческому слову со значением «трезвый, рассудительный». В русской обиходной традиции полная форма имени сократилась до основы Нифон, и уже от неё образовали фамилию. Притяжательный суффикс -ов указывает на принадлежность: Нифонова буквально значит «дочь (или жена) Нифона».

Имя Нифонт в православных святцах встречается неоднократно, и это важно для понимания географии фамилии. Среди покровителей имени — преподобный Нифонт, епископ Кипрский, живший в IV веке, а также святитель Нифонт, епископ Новгородский, почитаемый на Руси. Последний факт показателен: имя было известно в новгородских землях задолго до того, как фамилии закрепились в качестве наследственных прозваний. Позднее к этому ряду добавились преподобный Нифонт Афонский и святитель Нифонт, патриарх Константинопольский.

Если говорить о словообразовательной модели, фамилия Нифонова — типичный пример краткого притяжательного прилагательного, которое со временем застыло в роли родового имени. По той же схеме строились фамилии от множества других церковных имён, но у Нифоновой есть особенность: исходное имя само по себе осталось редким. В святцах оно присутствует, однако массового распространения в народе не получило, поэтому и фамилия встречается заметно реже, чем, скажем, Ивановы или Петровы.

Женская форма Нифонова, как и в большинстве русских фамилий на -ов, исторически обозначала принадлежность к роду, главу которого звали Нифон. Носительница фамилии — это потомок того самого Нифона, чьё имя в переводе с греческого обещало трезвость ума и рассудительность. Впрочем, не стоит забывать, что в старину имя давали не по значению, а по святцам, в честь конкретного святого, так что прозвищного подтекста в фамилии, скорее всего, не было — только память о крестильном имени предка.