Фамилия Нифотова — женская форма, а её мужской вариант — Нифотов. Сама фамилия редкая и происходит от имени или прозвища, которое в русской традиции почти не встречается. Скорее всего, в её основе лежит крестильное имя Нифонт (греч. Νήφων — «трезвый», «рассудительный»). В святцах есть несколько святых с таким именем, но в народном быту оно было нечастым и быстро искажалось. От Нифонта через разговорные формы Нифот, Нифоть, Нифота и появилась фамилия: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Нифота» или «из рода Нифота».

Возможна и другая версия, хотя и менее вероятная: фамилия могла возникнуть от прозвища Нифота, связанного с диалектным словом «нифоть» или «нифота» — так в некоторых северных говорах называли неряху или неопрятного человека. Но если опираться на ономастическую логику, то модель «каноническое имя → просторечная форма → фамилия» для русских фамилий типична, а редкое имя Нифонт как раз даёт такую цепочку.

Географически фамилия Нифотов/Нифотова привязана к северным и центральным регионам России — Архангельской, Вологодской, Костромской областям. Именно там имя Нифонт было более известно благодаря местночтимым святым, а фамилии на -ов от редких имён закрепились в крестьянской и мещанской среде. Если ваши предки носили эту фамилию, они, скорее всего, были выходцами из тех мест, а их родоначальника звали Нифотом — сокращённо от Нифонта.

С точки зрения словообразования всё просто: суффикс -ов (в женском роде -ова) — самый распространённый в русских фамилиях, он означает «чей?», «относящийся к кому?». Никаких редких формантов вроде -их или -ский здесь нет, что указывает на позднее оформление фамилии (XVII–XIX века), когда модель «имя + -ов» стала массовой.