Фамилия Нифонтовы происходит от крестильного имени Нифонт, которое в переводе с греческого означает «трезвый, рассудительный». Это имя давали при крещении, а фамилию, соответственно, получили потомки человека по имени Нифонт. По модели образования (суффикс -ов) это типичная русская фамилия, указывающая на отца: Нифонтов сын, то есть сын Нифонта.

В православной традиции имя Нифонт почитается, известно несколько святых с этим именем. Среди них — преподобный Нифонт, епископ Кипрский, живший в IV веке, и святитель Нифонт, епископ Новгородский, который управлял епархией в XII веке и известен как строитель церквей. Также упоминаются праведный Нифонт и преподобный Нифонт Афонский. Такое количество святых покровителей делало имя достаточно распространённым в среде духовенства и простых людей, что и закрепило фамилию в разных сословиях.

Интересно, что имя Нифонт не относится к самым частым, поэтому фамилия Нифонтовы встречается реже, чем, скажем, Ивановы или Петровы. Это делает её заметной и легко отличимой от однокоренных вариантов. Со временем от той же основы возникали и другие формы, например Нифонтьев, но написание через «т» без мягкого знака закрепилось как более простое для произношения.

Точное место и время возникновения фамилии Нифонтовы проследить сложно, поскольку фамилии формировались постепенно, на протяжении нескольких столетий, и зависели от местных традиций. Однако очевидно, что она связана с церковной культурой и книжной традицией, ведь имя Нифонт пришло на Русь вместе с христианством и греческими богослужебными текстами. По сути, фамилия Нифонтовы — это живой след той эпохи, когда личное имя отца становилось родовым прозванием семьи, передаваясь детям и внукам.