Фамилия Нифонтов образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Нифонтов послужило церковное имя Нифонт. Мужское крестильное имя Нифонт в переводе с греческого означает «трезвый, рассудительный». В истории христианства известны несколько святых, носивших это имя: преподобный Нифонт — епископ Кипрский, праведный Нифонт, святитель Нифонт — епископ Новгородский, преподобный Нифонт Афонский и святитель Нифонт — патриарх Константинопольский. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нифонт, со временем получил фамилию Нифонтов. О точном месте и времени возникновения фамилии Нифонтов в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Нифонтов представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.