Фамилия Нифонов — один из тех случаев, когда на слух фамилия звучит как отчество, но с первого взгляда неочевидно, от какого имени образована. Если отбросить стандартный патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Нифона), остаётся основа «Нифон». Это краткая, народная форма канонического крестильного имени Нифонт.

Имя Нифонт имеет греческие корни и восходит к слову «нифон» (νίφω) — «снежный», «снегопадающий». В святцах известно несколько святых с этим именем, самый почитаемый — святитель Нифонт, епископ Кипрский, живший в IV веке. Однако в русской бытовой традиции полное церковное имя «Нифонт» часто сокращалось и переделывалось на простонародный лад: Нифон, Нифан, Нифантий. Именно из формы Нифон и возникла фамилия Нифонов — как «сын Нифона».

Интересно, что фамилия эта не слишком распространена, но и не является редкой. Встречается она преимущественно в центральных областях России и в Поволжье. Это наводит на мысль, что в XVIII–XIX веках имя Нифонт (в форме Нифон) было в ходу среди крестьян и мещан именно этих регионов, а не, скажем, в казачьих или северных областях, где предпочитали другие варианты того же корня. Например, в тех же местах можно встретить фамилию Нифонтов — она образована от полной формы имени Нифонт, а Нифонов — от усечённой. Разница в одну букву, но модель образования разная: первая — более книжная, вторая — разговорная, «деревенская».

Словообразовательно фамилия прозрачна: суффикс -ов присоединён к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный. Никаких редких суффиксов или диалектных черт здесь нет. Но есть один нюанс: в старых документах можно встретить написание «Нифоновъ» с твёрдым знаком на конце, а также вариант «Нифанов» — от формы Нифан, которая тоже встречалась как производная от Нифонта. Впрочем, Нифанов — это уже отдельная фамилия, хотя и однокоренная.

Таким образом, предки современных Нифоновых — это люди, носившие личное имя Нифон. Скорее всего, это были крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по отцу в эпоху массового закрепления фамилий после отмены крепостного права. Никакого особого прозвища или ремесла за этой фамилией не стоит — только имя, которое когда-то означало «снежный».