Мужское крестильное имя Нифонт в переводе с греческого означает «трезвый, рассудительный». В истории христианства известны несколько святых, носивших это имя: преподобный Нифонт — епископ Кипрский, праведный Нифонт, святитель Нифонт — епископ Новгородский, преподобный Нифонт Афонский и святитель Нифонт — патриарх Константинопольский. Скорее всего, основатель рода Нифонтовых был представителем высшего сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нифонт, со временем получил фамилию Нифонтова.