Фамилия Нифонтова происходит от мужского крестильного имени Нифонт. В переводе с греческого оно означает «трезвый, рассудительный». В истории христианства это имя носили несколько святых: преподобный Нифонт — епископ Кипрский, праведный Нифонт, святитель Нифонт — епископ Новгородский, преподобный Нифонт Афонский и святитель Нифонт — патриарх Константинопольский. Такое число канонизированных носителей говорит о том, что имя было хорошо известно на Руси, хотя в народном обиходе встречалось нечасто.

Скорее всего, основатель рода Нифонтовых принадлежал к высшему сословию. В Древней Руси имена греческого происхождения, особенно связанные с церковной традицией, чаще давали в семьях духовенства или знати, тогда как крестьянство и посадские люди предпочитали более привычные славянские имена. Поэтому корни фамилии стоит искать не в крестьянской среде, а среди людей книжных и образованных.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: суффикс -ов присоединялся к основе имени, образуя притяжательное прилагательное. Первоначально Нифонтов означало «сын Нифонта» или «принадлежащий Нифонту». Такой тип фамилий — самый распространённый в русской ономастике, он окончательно закрепился в XV–XVII веках, когда фамилии начали передаваться по наследству. Женская форма Нифонтова — это естественное грамматическое согласование, а не отдельная фамильная ветвь: так называли жену или дочь Нифонтова.

Интересно, что у имени Нифонт есть родственные варианты, которые тоже оставили след в русских фамилиях. Речь о формах Нифонтий и Нифонт, от которых образовались Нифонтьев и Нифонтов. Первая фамилия встречается чаще, вторая — реже, но обе восходят к одному корню. Если встретите человека с фамилией Нифонтов, почти наверняка его предки носили именно это имя, а не прозвище: у имени не было переносных, бытовых значений, которые могли бы лечь в основу прозвища.

В святцах имя Нифонт значится как редкое, но не исчезнувшее. В наши дни его дают при крещении, хотя и нечасто, что делает фамилию Нифонтова не только древней, но и живой: она продолжает возникать заново, когда кто-то получает это имя.