Фамилия Нефонтова — женская форма, мужская — Нефонтов. В её основе, скорее всего, лежит нецерковное имя или прозвище Нефонт. В русских говорах слово «нефонт» могло означать «простак», «недотёпа», человека нерасторопного или неловкого. Суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель образования от прозвищ: Нефонтов буквально — «сын Нефонта» или «из рода Нефонта».

Интересна фонетика фамилии. Она могла возникнуть из более ранней формы Нефантов или Нефонтов, где корень «нефант» — диалектное искажение греческого имени Неофит (в народе — Нефёд, Нефант). В таком случае Нефонтов — вариант с изменённым гласным, который закрепился в документах. Прямых параллелей с фамилией Нефёдов (от того же имени) здесь нет: Нефонтов стоит особняком, образуя редкое гнездо.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России, где были распространены говоры с «оканьем» и переходом «а» в «о» в безударной позиции. Встречается она редко, что указывает на локальное происхождение — возможно, от одного прозвища в конкретной деревне или волости.

Сословная принадлежность носителей могла быть разной, но, судя по прозвищной основе, — скорее крестьянской или посадской. В дворянские родословные книги фамилия не попала, и в дореволюционных справочниках она не фиксируется как широко известная.