Фамилия Нефодова — женская форма, а её мужской вариант Нефодов. В основе лежит каноническое имя Мефодий, которое в народной речи дало множество производных форм. Мефодий — имя греческого происхождения, означающее «методичный», «следующий порядку». В русском быту оно подверглось сильному фонетическому упрощению: начальный слог «Ме-» отпал, а «ф» заменило более сложное сочетание «фод» — так появилось имя Нефод. Именно от него и образована фамилия с помощью стандартного патронимического суффикса -ов, указывающего на принадлежность: «сын Нефода».

Словообразовательная модель здесь простая, но стоит обратить внимание на редкое стечение обстоятельств. В отличие от фамилий вроде Нефёдов (от той же основы, но через форму Нефёд), вариант Нефодов встречается заметно реже. Это говорит о том, что предки носителей фамилии жили в местности, где закрепился именно такой вариант произношения имени — без «ё» и с твёрдым окончанием. Скорее всего, это северные или центральные регионы России, где аканье и оканье влияли на бытовую речь.

По социальному происхождению Нефодовы — это потомки крестьян или посадских людей, не принадлежавших к знати. Фамилия не дворянская, не книжная, а чисто бытовая, возникшая в среде, где имя Мефодий было распространено среди простого народа. В документах XVI–XVII веков можно встретить упоминания крестьян с именем Нефодка, что подтверждает народный характер формы.

Споров вокруг этимологии практически нет. Единственная альтернативная версия — связь с греческим словом «нефос» (облако), но она лингвистически слаба: фамилия образована от имени, а не от нарицательного существительного. Правдоподобнее всего — цепочка Мефодий → Нефод → Нефодов.

В современной России фамилия малочисленна, её носители рассеяны по разным регионам, но заметного скопления в одном месте не образуют. Это типичная «фамилия одного корня», которая не даёт богатой географии, но зато прозрачна по смыслу.