Фамилия Нефьодов — один из примеров того, как русская орфография и народное произношение закрепили вариант, который расходится с книжной нормой. В основе лежит каноническое имя Неофит (от греческого neophytos — «новообращённый», «новый христианин»). В живой речи имя сократилось до Нефёд, а от него по самой распространённой модели образовалась фамилия — Нефёдов. Однако написание «Нефьодов» (с буквой «ё» через «ьо») — это не ошибка, а историческая фиксация южнорусского или простонародного произношения: в говорах «ё» могло звучать как отчётливое «йо», что и отразилось в документах.

Суффикс -ов указывает на типичную патронимическую форму: Нефьодов — «сын Нефёда». Такие фамилии в XV–XVII веках получали крестьяне, посадские люди и служилые, когда отчество закреплялось за родом. Интересно, что имя Неофит в допетровской Руси было нередким среди духовенства и монахов: новообращённых часто нарекали этим именем при крещении. Поэтому предок-носитель мог быть не только крестьянином или ремесленником, но и выходцем из церковной среды, где греческие имена ценились.

Спорных версий у фамилии немного. Иногда Нефьодова пытаются связать с диалектным словом «нефёда» — так в некоторых регионах называли нерасторопного, медлительного человека. Это возможно, но менее вероятно: прозвищные фамилии на -ов обычно образуются от существительных в именительном падеже, а «нефёда» — слово редкое и локальное. Куда надёжнее держаться имени: в писцовых книгах XVII века встречаются и Нефёдовы, и Нефьодовы — разница только в записи звука.

Географически фамилия тяготеет к югу России: Курская, Воронежская, Ростовская области. Встречается и у казаков — на Дону и Кубани, где имя Нефёд было в ходу. В центральных и северных губерниях преобладал вариант Нефёдов. Так что написание «Нефьодов» может быть маркером регионального происхождения предков.