Фамилия Нефдов — одна из тех, чья форма обманчива. На первый взгляд она похожа на отчество от имени Нефёд (простонародная форма канонического Мефодий). Однако суффикс -ов в сочетании с основой «Нефд-» указывает на другую модель: здесь не «Нефёдов», а именно «Нефдов», то есть от краткой, усечённой формы имени.

Вероятнее всего, в основе лежит имя Нефед или Нефёд, но не полное, а его разговорный вариант — Нефд, который и стал прозвищем. Такое усечение (отбрасывание конечного гласного или слога) — обычное явление в русской народной антропонимии: ср. Петр из Пётр, Кузьм из Кузьма. Суффикс -ов присоединялся к именам на твёрдый согласный, образуя притяжательное прилагательное: «чей сын?» — Нефдов, то есть сын Нефда.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «нефть» или «нефта» — так в некоторых говорах называли нефть или что-то маслянистое. Однако прозвище Нефд от такого корня — гипотеза слабая, так как в русском языке слово «нефть» закрепилось довольно поздно (XVII–XVIII века) и вряд ли дало бы фамилию, распространённую в крестьянской среде.

Географически фамилия Нефдов встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Ростовской областях, что косвенно подтверждает её происхождение от личного имени — в этих краях имя Нефёд (Мефодий) было популярно. В отличие от фамилии Нефёдов, которая встречается чаще и образована от полной формы, Нефдов — более редкий вариант, возникший в среде, где усечённые имена были нормой в бытовом общении.

Таким образом, предок носителя фамилии Нефдов, скорее всего, носил имя Нефд — сокращение от Нефёд, а сама фамилия — типичное русское отчество, застывшее в форме родительного падежа.