Фамилия Нефуков — один из тех случаев, когда основа слова заставляет задуматься. Сразу бросается в глаза корень «нефук-», который не встречается в современном русском языке в качестве самостоятельного слова. Это верный признак того, что перед нами либо прозвище, либо искажённое диалектное слово.

Самая вероятная версия связывает фамилию с глаголом «фукать» или существительным «фук». В русских говорах «фук» — это не только звук, но и название игры в карты, а также прозвище вспыльчивого или обидчивого человека, который «фукает», то есть сердится, пыхтит. Приставка «не-» в прозвищах часто имела усилительное или отрицательное значение, но здесь она, скорее всего, работала как часть сложного слова: «Нефук» — человек, который не фукает, то есть спокойный, невозмутимый, или, напротив, тот, кого прозвали по контрасту с поведением. Такие прозвища с отрицанием давали в насмешку или для выделения характера.

По модели образования фамилия типична для русского севера и центральных областей. Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: Нефуков — сын Нефука. Окончание твёрдое, мужское, что говорит о формировании фамилии в среде крестьян или посадских людей, где отчества и прозвища переходили в фамилии в XVI–XVII веках.

В ономастических справочниках фамилия Нефуков не числится среди массовых, но встречается в документах по Вологодской и Архангельской губерниям. Это косвенно подтверждает севернорусское происхождение: именно там бытовали прозвища, образованные от глаголов звукоподражательного характера. В словаре Б. Унбегана «Русские фамилии» подобные примеры с корнем «фук» не выделены отдельно, но модель с отрицанием «не-» и суффиксом «-ов» описана как характерная для прозвищ.

Вторая, менее вероятная версия — связь с тюркским корнем «фук» (дуть, веять), но для русского быта такое заимствование маловероятно без промежуточного диалектного слоя. Скорее всего, фамилия чисто славянская, прозвищная, и предки Нефуковых были людьми с заметной чертой характера — спокойствием или, наоборот, скрытностью, за что и получили своё прозвание.