Фамилия Нифуков образована по стандартной патронимической модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — сын Нифука. Основа здесь — прозвище или, что вероятнее, календарное имя Нифук. В русских говорах имя Нифонт (от греческого «трезвый», «рассудительный») нередко упрощалось до Ниф, Нифан, Нифуня. Форма Нифук — характерный для северных и сибирских говоров вариант с суффиксом -ук, который в других регионах (например, на Украине и в Белоруссии) стал фамильным окончанием, а на Русском Севере оставался уменьшительно-бытовым прозвищем.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «нифук» — так в некоторых областях называли нелюдимого, угрюмого человека или, наоборот, того, кто «ни фу-фу», то есть никудышный, слабый. Однако в ономастике чаще всего за такими фамилиями стоит крестильное имя, простонародная форма которого со временем закрепилась в документах. В пользу версии с Нифонтом говорит и география: Нифуковы встречаются в основном в Вологодской, Архангельской областях и в Пермском крае — как раз там, где имя Нифонт было популярно, а местные говоры активно редуцировали окончания.

По сословию носители фамилии почти наверняка были крестьянами или посадскими людьми. В писцовых книгах XVII века встречаются записи «Нифук Онтонов» или «Нифук Федоров» — без фамилии, с отчеством, что типично для того времени. Окончательное закрепление фамилии в форме Нифуков произошло, скорее всего, в первой половине XVIII века, когда после ревизий Петра I всех обязали иметь фамилии, и писарь записал сына Нифука как Нифукова.

Однокоренные фамилии — Нифонов, Нифантьев, Нифатов — тоже восходят к тому же имени, но Нифуков стоит особняком из-за редкого суффикса -ук, который в русской фамильной системе встречается нечасто и выдает северное происхождение. Если ваш предок был Нифуковым, он с большой вероятностью жил где-то в бассейне Северной Двины или на Вятке, а его пращур носил имя Нифонт, которое в быту звучало как Нифук.