Фамилия Нифукова — женская форма от Нифуков, и её разумнее всего разбирать в мужском варианте, поскольку именно он лежит в основе. Вглядитесь в корень: перед нами не очевидное «Ниф», а почти наверняка искажённое или диалектное произношение имени Никифор. В русских говорах, особенно на Севере и в Поволжье, имя Никифор нередко сокращали до форм вроде Нифан, Нифон, Нифута, а от них уже образовывали прозвища и фамилии. Суффикс -ук- (в основе Нифук) типичен для западнорусских, украинских и белорусских земель: он указывал на сына или ученика, то есть «Нифуков» буквально значило «сын Нифука», где Нифук — разговорная форма того же Никифора.

Вторая, менее вероятная, но допустимая версия отсылает к диалектному слову «нифуга» или «нифуть» — так в некоторых областях называли нерасторопного, вялого человека. Прозвище могло закрепиться за медлительным или ленивым крестьянином, а потом перейти в фамилию. Однако имя-основа Никифор встречается в ономастических справочниках (например, в работах Б. Унбегауна по русским фамилиям) гораздо чаще, чем редкое прозвище, поэтому версия с личным именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Нифуков тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где суффикс -ук активен до сих пор. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, один род в конкретном селе или уезде передал её потомкам. Сословно носители, как правило, были крестьянами или мещанами — фамилии на -ук/-юк редко встречались у дворянства, которое предпочитало формы на -ов/-ев с полным именем.

Интересная деталь: написание через «ф», а не через «хв» (ср. Нихифоров) выдаёт именно устное бытование. Люди записывали фамилию на слух, так, как произносили в повседневной речи, без оглядки на церковнославянскую норму. Поэтому Нифуков — живой след народной этимологии, где сложное имя Никифор превратилось в короткое и удобное для быта прозвище.