Фамилия Нефтюков — одна из тех русских фамилий, чья основа не сразу бросается в глаза. На первый взгляд в ней слышится что-то «нефтяное», но это обманчивое впечатление. Корень здесь не от «нефти», а от редкого древнерусского имени Нефтюк.

Имя Нефтюк — это народная, обиходная форма канонического крестильного имени Неофит. Неофит в переводе с греческого означает «новообращённый», «новый ученик». В русской традиции это имя давали редко, чаще в монашеской среде, но в просторечии оно могло сокращаться до Нефтюк, Нефёд, Нефедка. Суффикс -юк характерен для украинского и южнорусского именослова (ср. Костюк, Павлюк), что указывает на возможные корни носителя фамилии в западнорусских или малороссийских землях.

Фамилия образована по стандартной патронимической модели: Нефтюк → Нефтюков, то есть «сын Нефтюка». Суффикс -ов присоединялся к основам на твёрдый согласный, что и произошло. Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был сыном человека по имени Нефтюк (Неофит).

Поскольку имя Неофит было не самым распространённым, фамилия Нефтюков встречается относительно редко. В дореволюционной России её могли носить крестьяне или мещане — фамилии на -ов в этих сословиях закрепились в основном после отмены крепостного права в 1861 году. Никакой связи с нефтяным промыслом здесь нет, хотя в современном сознании такое созвучие может порождать забавные ассоциации. Вероятнее всего, предок Нефтюковых был просто человеком, получившим при крещении имя Неофит, а в быту звавшимся Нефтюком.