Фамилия Нефтисов — редкий случай, когда основа почти наверняка искажена или переосмыслена. На первый взгляд, корень «нефть» напрашивается сам собой: предок мог быть связан с добычей или торговлей нефтью. Однако в русских фамилиях такая прямая профессиональная основа встречается крайне редко, и для неё было бы логично окончание -ин (Нефтин), а не -ов. Появление формы Нефтисов заставляет искать другое объяснение.

Скорее всего, перед нами результат адаптации нерусской фамилии или имени. Например, в тюркских языках распространено имя Нефти (от арабского «нафт» — «нефть», «бензин», но в переносном смысле — «горячий», «вспыльчивый»). Русское окончание -ов добавили при оформлении фамилии по модели «чей?»: Нефтисов — сын Нефти. Возможен и вариант от крестильного имени Мефтий (редкая форма от Мефодий), где начальный слог отпал, а «ф» осталось: Мефтий → Нефтий → Нефтисов. В пользу этой версии говорит то, что фамилии на -исов часто восходят к церковным именам (например, Онисисов, Парфенисов).

Географически фамилия тяготеет к южным регионам России — Краснодарскому краю, Ростовской области, а также к Закавказью, где сильны тюркские и армянские влияния. Встречается она редко, в основном в единичных записях. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель фамилеобразования, но сама основа остаётся загадочной: либо это прозвище по характеру («нефтяной» — вспыльчивый), либо переделанное имя, либо поздний искусственный вариант, возникший в советское время, когда фамилии меняли по созвучию с «нефть» — в духе моды на производственные корни.

Таким образом, носитель фамилии Нефтисов может происходить из среды, где смешивались русские и тюркские традиции, а его предок, вероятно, носил имя или прозвище, которое при записи в церковных книгах обросло стандартным русским окончанием. Точное значение без архивных изысканий не установить, но ясно одно: фамилия не бытовая, а книжная, причём возникшая не в центральных губерниях.