Фамилия Нефидов принадлежит к распространённому типу русских фамилий, образованных от полной формы крестильного имени. В основе лежит каноническое имя Неофит (от греческого neophytos — «новообращённый», «новый в вере»). В народном произношении имя утратило начальную букву «о» и звук «т» в конце, превратившись в Нефид. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Нефидов буквально означает «сын Нефида».

Интересно, что фамилия сохранила редкую для русского уха основу. Имя Неофит в святцах встречается, но никогда не было частым в быту, в отличие от Иванов или Петров. Поэтому Нефидовы — потомки, скорее всего, одного конкретного человека по имени Неофит, а не целого рода одноимённых предков. Это сужает круг возможных родоначальников: фамилия могла закрепиться в одной местности и не получить массового распространения.

По модели образования Нефидов — типичная «отчество в третьем поколении». В XVI–XVII веках крестьянина или посадского человека звали Неофит, его сын записывался как Неофитов, а внук — уже Нефидов, с усечённой формой. Кстати, вариант Неофитов в русских документах тоже встречается, но гораздо реже; Нефидов — результат живого разговорного упрощения, которое и победило в обиходе.

Встречаются единичные носители фамилии в центральных областях России и в Поволжье, но статистика по ней скудная — фамилия не входит в число частых. О сословной принадлежности предков сказать трудно: имя Неофит давали и крестьянам, и духовенству, но в среде священнослужителей чаще сохраняли полную форму имени, а не усечённую. Значит, Нефидовы — скорее всего, из крестьянской или мещанской среды, где имена «переделывали» на свой лад.