Фамилия Нефидова — женская форма фамилии Нефидов. В основе лежит мужское имя Нефид, которое представляет собой народную, обиходную форму канонического имени Мефодий. Мефодий в переводе с греческого означает «методичный», «упорядоченный». В русской простонародной среде начальное «Ме» часто переходило в «Не»: так из Мефодия получался Нефёд (через промежуточную форму Мефёд), а отчество от него — Нефёдов. Позже, с утратой «ё» на письме, фамилия закрепилась в написании Нефидов.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, образованных от отчества или прозвища отца. То есть Нефидов — буквально «сын Нефида». Фамилия относится к числу «патронимических», самых распространённых в России: они составляют около 60% всех русских фамилий. Интересно, что имя Мефодий было церковным, но в повседневной речи крестьяне и посадские люди переделывали его на свой лад, и Нефид — один из таких ярких примеров фонетической адаптации.

Географически фамилия Нефидовы встречается в центральных и северных областях России, особенно в бывших Новгородской и Вологодской губерниях, где диалектное аканье и замена «е» на «и» были особенно сильны. Также стоит отметить, что существует версия о связи фамилии с некалендарным прозвищем Нефид, которое могло означать «неудачник» или «непутевый», но она менее убедительна: имя Мефодий было настолько распространено в крестьянской среде, что церковное происхождение здесь первично.

В отличие от фамилий на -ин или -ский, Нефидова не несёт указания на принадлежность к духовенству или дворянству. Это «народная» фамилия, указывающая на происхождение от человека, носившего просторечное имя. Редкость фамилии объясняется тем, что имя Мефодий в XX веке практически вышло из употребления, а с ним ушла и активная фамилиеобразующая основа.