Фамилия Нефьодова — женская форма русской фамилии Нефьодов. Её основа — каноническое крестильное имя Мефодий. В русской народной традиции начальное «Ме» нередко отсекали или упрощали, так появилась форма Нефёд (через вариант Мефёд). От неё и пошла фамилия с типичным русским патронимическим суффиксом -ов: Нефёдов → Нефьодова. Ударение в фамилии падает на второй слог: Нефьо́дова, что соответствует ударению в исходном имени Мефо́дий.

Словообразовательная модель проста: к основе Нефёд- добавляется суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Нефёда»). Форма Нефьодова с буквой «ь» — результат орфографической передачи мягкого звука [д'] перед гласным: на письме это выглядит как «Нефьодов» вместо более привычного «Нефёдов». Такое написание встречается в документах, особенно в северных и центральных губерниях России, где мягкость согласных фиксировали последовательнее.

Имя Мефодий (греч. Methodios — «методичный», «следующий порядку») носил святой равноапостольный Мефодий, создатель славянской письменности. В крестьянской среде имя было популярно, но в быту его сокращали до Нефёд. Соответственно, предок носительницы фамилии — человек по имени Нефёд, вероятно, живший в XVI–XVII веках, когда фамилии на -ов массово закреплялись за крестьянами и посадскими людьми.

Фамилия Нефьодова — не самая частая, но имеет географические гнёзда. По данным переписей, она встречается в Вологодской, Архангельской и Костромской областях, а также на Урале, куда переселенцы принесли её в XVIII–XIX веках. Встречается и вариант Нефёдова (через «ё»), который более распространён, но написание через «ьо» — не ошибка, а историческая норма, сохранившаяся в метрических книгах.

Среди однокоренных фамилий — Нефёдкин, Нефёдков, Нефёдычев. Все они восходят к тому же имени, но с разными суффиксами (-кин, -ков, -ычев), что говорит о региональных особенностях словообразования. Фамилия Нефьодова стоит в этом ряду как пример мягкого произношения, закреплённого на письме.