Фамилия Нефодина восходит к церковному имени Мефодий (в переводе с греческого – «ищущий»). За основу же фамилии была взята просторечная форма этого имени – Нефода. Согласно другой версии, фамилия образована от другого канонического имени Неофит (от древнегреческого слова neophytos – «новообращенный, недавний христианин»). Скорее всего, основатель рода Нефодиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нефода, со временем получил фамилию Нефодина.