Фамилия Нефотина — женская форма, а мужская, соответственно, Нефотин. В основе фамилии лежит редкое каноническое имя Нефот (Нефод). Это сокращённая форма от греческого имени Неофит, что означает «новообращённый», «новый в вере». В просторечии имя Неофит трансформировалось в Нефота, Нефёд и даже в Нефедья, что вполне обычно для русской народной традиции: длинные и труднопроизносимые церковные имена укорачивали до бытового варианта.

Фамилия образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — сын Нефоты. То есть Нефотин — это «сын Нефоты». Встречается и параллельная форма Нефёдов (от Нефёд), но Нефотин — более архаичный и редкий вариант, сохранивший исходную основу без перехода «ф» в «хв» (как в фамилии Нехвостов) или в «фёд».

С географической точки зрения фамилия Нефотина — нечастая. Основные очаги её бытования — северные и центральные регионы России, особенно Вологодская, Архангельская и Костромская области. Там в XIX веке имя Неофит встречалось чаще, чем в южных губерниях, и давало устойчивые прозвища. В переписных книгах XVII века можно найти крестьян и посадских людей с именем Нефотка, что подтверждает давнюю традицию.

Если ваши предки носили фамилию Нефотины, скорее всего, они были из крестьянской или мещанской среды, а родоначальника звали Нефотом. В отличие от фамилий на -ский, которые нередко указывали на дворянское происхождение, Нефотин — типичная «деревенская» фамилия, образованная от личного имени без дополнительных социальных маркеров.