Фамилия Нефатов образована от прозвища или нецерковного имени Нефат. Основа здесь — тюркское слово «нефат» (или «нефед»), которое означает «польза», «выгода», «прибыль». В русских говорах, особенно в южных и восточных регионах, это слово закрепилось в значении «барыш», «корысть». Соответственно, Нефатом могли прозвать человека удачливого в торговле, расчётливого хозяина или того, кто умел извлечь выгоду из любого дела. Прозвище давали не в укор, а как характеристику — «хозяйственный», «прибыльный».

Модель образования фамилии — типичная для русской ономастики: основа на твёрдый согласный + суффикс принадлежности -ов. Нефатов — буквально «сын Нефата», «из рода Нефата». Суффикс указывает, что фамилия сформировалась в среде великорусского крестьянства или посадских людей не позднее XVII века. В дворянской среде такие «прозвищные» фамилии на -ов встречались реже, но и там не были исключением.

Встречается версия, что Нефат — это искажённая форма канонического имени Иоаннафан (библейское «дар Божий»). Однако это маловероятно: для русской народной этимологии привычнее было бы превращение Иоаннафана в Анафата или Нафана, а не в Нефата. Связь с тюркским «нефат» выглядит прямее и подтверждается географией фамилии: Нефатовы чаще всего встречаются в Поволжье, Приуралье и на юге России — в зоне активных русско-тюркских контактов.

Фамилия редкая. В дореволюционных справочниках она не фиксируется как дворянская, и её носители, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, реже — купцами. В современных телефонных справочниках и базах данных Нефатовы компактно проживают в Волгоградской, Саратовской и Оренбургской областях, что косвенно подтверждает восточное происхождение основы.

Однокоренные фамилии — Нефедов, Нефёдов — имеют другую этимологию (от греческого Мефодий). Нефатов стоит особняком: его корень не церковный, а бытовой, связанный с повседневной хозяйственной сметкой. Поэтому для носителя фамилии Нефатов предки — не монахи и не священники, а, скорее, люди практичные, умевшие торговать и вести дело.