Фамилия Нефатенков — редкий случай, где притяжательный суффикс -ов присоединился не к личному имени или прозвищу, а к уже готовой фамилии на -енко. Это сразу указывает на позднее происхождение, скорее всего, не раньше второй половины XVIII века, когда на юге России и в Малороссии начали массово русифицировать украинские фамилии, добавляя к ним великорусские окончания.

Основа здесь — Нефатенко. В свою очередь, она образована от имени Нефат, которое является просторечной формой канонического имени Неофит (греч. neophytos — «новообращённый»). В русских говорах имя Неофит упрощалось до Нефёд, Нефед, а в украинской среде — до Нефат, Нехват. Суффикс -енко в украинской ономастике означал «сын» или «потомок», то есть Нефатенко — «сын Нефата». Позже, при переселении в центральные или северные губернии России, фамилию адаптировали под местную модель: отбросили конечное -о и добавили типичное русское -ов.

Таким образом, предок носителя фамилии Нефатенков был, скорее всего, выходцем из украинских или южнорусских земель (Курская, Воронежская, Харьковская губернии). Его деда звали Неофит (в быту — Нефат). Судя по распространённости фамилии, это были крестьяне или однодворцы — потомки служилых людей, которые в XVII–XVIII веках осваивали южные рубежи государства. Встречается фамилия и в варианте Нефатенко — без русификации, что подтверждает её украинские корни.

Интересная деталь: в некоторых говорах имя Неофит могли переосмыслить в духе народной этимологии как «неофит» — «неопытный, новичок», но это вторичное осмысление, не повлиявшее на фамилию. Основной путь — от церковного имени через украинское отчество.