Фамилия Нефатенко — характерный пример украинской модели фамилии с суффиксом -енко. На востоке Украины и в южнорусских регионах этот суффикс указывал на происхождение по отцу: буквально «маленький Нефат» или «сын Нефата». В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые закрепились в документах раньше, фамилии на -енко долгое время оставались полуофициальными уличными прозвищами и окончательно оформились лишь в XIX веке.

Основа фамилии — имя или прозвище Нефат. Скорее всего, это адаптированная форма канонического имени Ионафан (древнееврейское Йонатан — «Бог дал»). В народном произношении имя прошло через череду изменений: Йонафан → Анафан → Нефан → Нефат. Такая трансформация типична для южнорусских и украинских говоров, где начальное «Ио-» часто отпадало или заменялось. Возможен и другой путь: от греческого имени Неофит (Neophytos — «новообращённый»), которое в просторечии сократили до Нефат. Оба варианта объясняют редкость фамилии — исходные имена не входили в число самых распространённых.

Суффикс -енко указывает на географическое ядро фамилии: левобережная Украина, особенно Полтавщина, Слобожанщина и южные уезды Черниговщины. В этих краях фамилии на -енко составляют большинство, а их носители были преимущественно казацкого или крестьянского сословия. Дворянские роды с таким суффиксом редки — обычно это поздние пожалования, когда фамилия уже закрепилась в низших слоях.

В написании Нефатенко обращает на себя внимание твёрдое «т» в основе. В украинской традиции чаще встречается вариант Нефатенко с сохранением звука, тогда как в русской среде могли бы сказать Нефатин или Нефатов. Это ещё один маркер того, что фамилия сформировалась именно в украинской языковой среде, где суффикс -енко не требовал смягчения конечного согласного основы. Фамилия редкая, в современных справочниках почти не упоминается, что говорит о её локальном бытовании — возможно, в пределах одного-двух сёл или хуторов.