Фамилия Нефеодов — один из ярких примеров того, как просторечная народная форма канонического имени закрепилась в родовом прозвище, а затем и в фамилии. В основе лежит имя Нефёд, которое является восточнославянским, в первую очередь русским, вариантом крестильного имени Мефодий. Церковная форма Мефодий была сложна для произношения, и в быту её переделали: отбросили начальный слог и упростили остаток. Так появилось Нефёд, а от него — фамилии Нефёдов, Нефеодов и более редкие Нефедьев.

Ключевая особенность этой фамилии — написание через «ео»: Нефеодов, а не Нефёдов. В русской ономастике фамилии на -еодов встречаются нечасто и обычно указывают на старое, диалектное произношение или на фиксацию фамилии в документах до реформы орфографии, когда букву «ё» не использовали, а писали «е». В результате Нефеодов — это та же фамилия, что и Нефёдов, но застывшая в старом написании. Носители такой формы могли происходить из регионов, где в XIX веке «ёканье» не было нормой, или фамилия была записана в церковных книгах именно так, и потомки не меняли её.

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий: «чей?» — «Нефеодов», то есть сын или потомок Нефеода (Нефёда). Социально фамилия не была элитарной: Нефёдами в крестьянской и мещанской среде называли детей часто, поэтому Нефеодовы — это в основном потомки крестьян, ремесленников или однодворцев из центральных и южных губерний России. Встречается фамилия и у старообрядцев, которые нередко сохраняли архаичные формы имён и написания.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями: Нефёдов — самая частая форма, Нефеодьев — патроним от полной церковной формы (встречается редко, в среде духовенства), а Нефеодов — занимает промежуточное положение, сочетая народную основу с консервативным написанием. Таким образом, фамилия Нефеодов — не ошибка писаря, а живой след истории русского языка, где имя Мефодий прошло долгий путь от греческого «Методиос» до просторечного Нефёда и его орфографического двойника.