Фамилия Нифатова в своей основе почти наверняка хранит память о крестильном имени Нифат. Так на Руси в просторечии звучало церковное имя Вонифатий, которое пришло из латыни и означает «благотворный» или, по другой трактовке, «добрая судьба». Иными словами, родоначальник Нифатовых мог быть человеком, которого при крещении нарекли в честь святого Вонифатия, а в быту окружающие звали его сокращенно — Нифат.

Менее вероятно, но всё же любопытно другое объяснение. Имя Нифат носит гора в Армении, и существует гипотеза, что прозвище Нифат мог получить человек, живший у её подножия. Само название горы возводят к библейскому имени Иафет, которое толкуют как «да распространится». Однако эта версия выглядит заметно слабее: слишком уж далека география Армении от основной массы русских фамилий, и слишком просто объясняется имя через церковный календарь.

Сама фамилия образована по стандартной для русской ономастики модели: к основе Нифат добавили суффикс -ов, а затем и окончание -а, указывающее на женскую линию рода. То есть Нифатова — это буквально «дочь или жена Нифатова», а изначальная форма Нифатов закрепилась за потомками мужчины по имени Нифат. Такая словообразовательная схема — одна из самых распространённых в России, она встречается у большинства фамилий, произошедших от личных имён.

Если принять основную версию, то предки Нифатовых — это, скорее всего, люди из крестьянской или мещанской среды, где просторечные формы канонических имён были обычным делом. Церковь требовала нарекать ребёнка строго по святцам, но в повседневном общении длинное и неудобное Вонифатий легко превращалось в короткое Нифат. Так имя, которое носил далёкий предок, пережило века и закрепилось в фамилии, которую вы носите сегодня.