Основой фамилии Нифатов послужило церковное имя Нифат. Имя Нифат, вероятно, является просторечной формой мужского крестильного имени Вонифатий, что в переводе с латинского на русский язык означает «благотворный, благотворящий», по другой версии - «добрая судьба». Менее вероятно, что фамилия Нифатов происходит от прозвища Нифат, которое восходит к аналогичному названию горы в Армении. Название горы Нифат образовано от библейского имени Иафет, что означает «да распространится». Согласно этому, вполне возможно, что основатель рода Нифатовых жил неподалеку от этой горы. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Нифат, со временем получил фамилию Нифатов.