Фамилия Нифатов образована от имени Нифат, которое, скорее всего, было просторечной, обиходной формой крестильного имени Вонифатий. В латинском языке это имя означало «благотворный», «благотворящий»; иногда переводят и как «добрая судьба». Такие сокращённые формы церковных имён — обычное дело для русской ономастики: полное имя в быту резали до одного-двух слогов, и именно эта короткая версия закреплялась за человеком и его детьми. Фамилия на -ов указывает на принадлежность потомку человека по имени Нифат: буквально «сын Нифата».

Есть и другая, менее вероятная версия, которую стоит упомянуть для полноты картины. Согласно ей, прозвище Нифат могли дать человеку, жившему у горы Нифат в Армении. Название горы возводят к библейскому имени Иафет, которое толкуют как «да распространится». Если следовать этой гипотезе, основатель рода Нифатовых мог получить прозвище по месту жительства. Однако такая версия выглядит надуманной: вряд ли житель русских земель стал бы носить прозвище по малоизвестной кавказской горе, тогда как имя Вонифатий было в ходу у православных и давало естественное объяснение форме Нифат. Поэтому лингвистически более оправданным остаётся первый вариант — происхождение от крестильного имени.

Суффикс -ов в фамилии — типичный патронимический, он отвечает на вопрос «чей?» и закрепился в большинстве русских фамилий уже к XVII–XVIII векам. Так что носитель фамилии Нифатов — потомок человека, которого в документах или в быту звали Нифатом, а в церковных записях, вероятно, записывали полным именем Вонифатий.