Фамилия Нифантов происходит от просторечной формы редкого календарного имени Нифонт. В переводе с греческого оно означает «трезвый, рассудительный». Так что в основе фамилии лежит не прозвище, а именно имя, которое в разговорной речи звучало как Нифант, а в церковной традиции — как Нифонт. Потомки человека с таким именем и стали Нифантовыми.

Сама фамилия образована по самой распространённой на Руси модели — притяжательный суффикс -ов, который отвечает на вопрос «чей?». Нифантов буквально значит «сын Нифанта». Такая схема типична для большинства русских фамилий, но здесь интересна именно основа: имя Нифонт в святцах встречается нечасто, а его народная форма Нифант и вовсе редкая, поэтому и фамилия получилась нечастотной.

Имя Нифонт носили несколько православных святых, самый известный из которых — епископ Кипрский, живший в IV веке. В народной среде церковное имя быстро адаптировалось: звук «ф» в начале слова был неудобен для произношения, поэтому его заменяли или смягчали. Так Нифонт превращался в Нифант, а иногда и в Нифот. Именно из такой разговорной формы и выросла фамилия.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Нифонтов — более книжный вариант, он ближе к церковному написанию имени. Нифантов же — живой, устный след того, как имя звучало в деревнях и сёлах. Такое расхождение между официальной и бытовой формой встречается у многих фамилий, но здесь оно особенно показательно: по суффиксу и окончанию сразу видно, что перед нами русская фамилия, а по корню — что её носитель происходит от человека с редким греческим именем.

Сословной привязки у фамилии нет: Нифантовыми могли быть и крестьяне, и мещане, и священники, поскольку имя Нифонт почиталось в церковной среде. География распространения фамилии широкая, но без ярко выраженного регионального центра — она встречается по всей России, хотя и нечасто. В документах XVII–XVIII веков можно найти упоминания крестьян и посадских людей с этой фамилией, но массового распространения она не получила.